Ο αρχαίος χώρος της Άφιδνας βρίσκεται ανατολικά της Κοσμοθέας στη βορειοανατολική Αττική, κοντά στην πεδιάδα του Μαραθώνα. Μια Κλασική οχύρωση βρίσκεται στο λόφο Κοτρώνι, ενώ ο χείμαρρος Χάραδρος βρίσκεται ακριβώς κάτω και στα νοτιοδυτικά με έναν τύμβο της Μέσης Εποχής του Χαλκού στη νότια πλευρά. Ένας δεύτερος χείμαρρος, ο Βαρνάβας, ρέει περίπου 1,5 χλμ. ανατολικά. Στα τέλη του 19^ου αιώνα και τα δύο ποτάμια εξέβαλαν στη λίμνη του Μαραθώνα, περίπου 2,5 χλμ. μακριά. Σήμερα, το τοπίο έχει αλλάξει ριζικά καθώς ένα φράγμα έχει αυξήσει το μέγεθος της λίμνης που απλώνεται σχεδόν έως το λόφο Κοτρώνι.

Ο Παράδεισος βρίσκεται στη σημερινή περιοχή της Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης στη βόρεια Ελλάδα, σε μια επίπεδη κορυφή στη δυτική όχθη του ποταμού Νέστου. Σήμερα ο τόπος είναι γνωστός ως Κλισί Τεπέ (μια τουρκική απόδοση των ελληνικών λέξεων εκκλησία και λόφος) μετά την καταστροφή μιας βυζαντινής εκκλησίας στην κορυφή του. Ακριβώς στα βόρεια του λόφου, υψώνονται απότομα τα βουνά της Ροδόπης, ενώ στα νότια ο ποταμός έχει δημιουργήσει μια μεγάλη πεδιάδα, που εκτείνεται 30 χλμ. προς το Αιγαίο. Στο παρελθόν ο οικισμός πιθανότατα βρισκόταν πολύ πιο κοντά στην ακτογραμμή, η οποία έκτοτε έχει επεκταθεί. Η τοποθεσία είναι σαφώς μεγάλης στρατηγικής σημασίας, καθώς η Via Egnatia (Αρχαία Εγνατία Οδός) διέσχιζε τον ποταμό εδώ τουλάχιστον από την ελληνιστική εποχή, πιθανώς ακολουθώντας μια ακόμη παλαιότερη διαδρομή.