Το Σουηδικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο Αθηνών διοργανώνει τακτικά εκπαιδευτικά προγράμματα για μεταπτυχιακούς φοιτητές των πανεπιστημίων της Σουηδίας.
Μεταξύ των προγραμμάτων, που διοργανώνονται πάντα σε συνεργασία με ένα σουηδικό πανεπιστήμιο, είναι και το πρόγραμμα «Η Αρχαιολογία και η Ιστορία της Αρχαίας Ελλάδας: Ένα Περιοδεύον Σεμινάριο», με την πλέον μακρά παράδοση καθώς ξεκίνησε το 1948, όταν ιδρύθηκε το Ινστιτούτο. Σήμερα, το πρόγραμμα προσφέρεται ανά διετία και από το 2014 κατά τη διάρκεια του χειμερινού εξαμήνου. Κάθε δεύτερο έτος το Ινστιτούτο διοργανώνει επίσης ένα θεματικό πρόγραμμα, το οποίο τα τελευταία δύο χρόνια εστιάζει στη συνέχεια των πρακτικών λατρείας από την αρχαιότητα μέχρι τις μέρες μας.
Από το 2008 διοργανώνεται σε ετήσια βάση ένα πρόγραμμα που εξετάζει τους υδάτινους πόρους σε διαχρονική βάση στα πλαίσια του USI, Universities and Institutes in Collaboration for Internationalization (Πανεπιστήμια και ινστιτούτα σε συνεργασία για διεθνοποίηση), το οποίο αποτελεί ένα δίκτυο των πανεπιστημίων στη Σουηδία και των σουηδικών ινστιτούτων της Μεσογείου.
Τέλος, το Ινστιτούτο διοργανώνει και προγράμματα κατά περίσταση, όπως για παράδειγμα κύκλους μαθημάτων για τη μεθοδολογία των αρχαιολογικών ερευνών πεδίου, αλλά και επαναληπτικά και επιμορφωτικά προγράμματα για καθηγητές λατινικής και αρχαίας ελληνικής γραμματείας της μέσης εκπαίδευσης.
