Den 10 maj 1948 invigdes Svenska institutet i Athen i Gennadionbiblioteket på Amerikanska Skolan. Det nya institutet hade inga egna lokaler. Först nästa år stod dessa färdiga: en lägenhet i ett nybyggt hus på Voukourestiou 29. Att ett nytt arkeologiskt institut kunde invigas mitt under inbördeskriget måste tillskrivas särskilda omständigheter: svensk fältarkeologisk verksamhet i Grekland under mellankrigstiden och de svenska rödakorsinsatserna under andra världskriget. Oväsentligt i sammanhanget var kanske inte heller det faktum att Greklands dåvarande utrikesminister var gift med en svenska.

Heinrich Schliemanns utgrävningar i Tiryns, Mykene och Troja gjorde att man så småningom i Sverige förstod, att man inte kunde studera de gamla medelhavskulturerna utan att också se de arkeologiska lämningarna. Svenska klassiker började alltså resa till Grekland och också att knyta kontakter med forskare i andra länder, som sedan årtionden varit verksamma i Grekland. De mest betydande svenska resenärerna var Einar Löfstedt d.ä., som besökte Grekland och Mindre Asien 1876–1877. Han deltog i de tyska utgrävningarna i Olympia och såg Schliemann gräva ut guldskatterna i Gravcirkel A i Mykene. Löfstedt var professor i grekiska i Uppsala och föreläste inspirerat om sina resor på universitetet. Tio år senare var det Julius Centerwalls tur att göra samma resa. Han var lärare och blev rektor för Söderhamns läroverk, men han var också riksdagsman. Han umgicks både med Schliemann och de tyska arkeologer, som inte hade så mycket till övers för Schliemann som vetenskapsman. Centerwall spred resultaten av dennes utgrävningar till en större svensk publik och själv skrev han en mycket läsvärd bok om sina resor: Från Hellas och Levanten, som utkom 1888.

Den tredje resenären var Johan Bergman, också lärare och
riksdagsman men dessutom nykterhetskämpe. Bergmans greklandsresa ägde rum på 1890-talet, och han förfäktade idén om att Sverige borde deltaga i utforskandet av den antika grekiska kulturen och grunda ett institut i Athen. I den andan ägde de första svenska utgrävningarna rum i Grekland på Kalaureia eller Poros, som det heter i dag, men därefter skulle det dröja ytterligare nästan trettio år, innan det blev en fortsättning i stor skala. Emellertid skapades ämnet Klassisk fornskunskap och antikens historia (namnet ändrades 1969 till antikens kultur och samhällskunskap) 1909 med professurer i Lund och Uppsala. Därmed var grunden lagd till ett större svenskt engagemang i Grekland.

Under 1920- och 1930-talen genomfördes flera stora svenska fältarkeologiska projekt i Grekland (Asine, Dendra/Midea, Berbati, Svenska Messenienexpeditionen, Asea). Mot den bakgrunden kan det synas något märkligt, att det första svenska arkeologiska institutet öppnades inte i Athen utan i Rom 1926. Anledningen till det var emellertid, att man ville tillgodose klassikerlärares behov av att stifta bekantskap med antiken och latinet var ett inte enbart ett större ämne än grekiska i den svenska skolan utan också det språk, genom vilket den grekiska kulturen i huvudsak förmedlades till oss. Från grekiskt håll hade man gärna sett att Sverige hade öppnat ett arkeologiskt institut under mellankrigstiden, men så skedde alltså inte.

Initiativet till institutet i Athen togs av två affärsmän: Ordföranden i Svenska Orientlinjen Herbert Jacobsson och samma företags representant i Grekland, generalkonsuln Eugenios Eugenides. De tog kontakt med professor Axel Boëthius i Göteborg, och dessa i sin tur med kronprinsen Gustaf Adolf, som varit initiativtagare till utgrävningarna i Asine. Institutet konstituerades på Stockholms slott den 25 april 1946. På grund av inbördeskriget i Grekland och en hel del motstånd från de arkeologiska myndigheterna (man ville inte ha fler grävande institut i landet) tog det två år, innan institutet kunde etablera sig i Athen.

Hur kommer då Röda Korset in i bilden? Denna organisation lyckades till slut genomdriva hos de tyska ockupationsstyrkorna, att man fick dela ut förnödenheter till den svältande grekiska befolkningen under andra världskriget. Delegaterna som posterades i olika delar av landet kom från de Schweiz och Sverige, hade lyckats hålla sig utanför kriget. Många av svenskarna var arkeologer och andra klassiker, som antingen redan talade grekiska eller kunde klassisk grekiska. Dessa personer var synnerligen väl lämpade för uppdraget, eftersom många av dem dessutom hade god kännedom om grekiska förhållanden. Den främste av dessa delegater var Axel W. Persson, som lett alla utgrävningarna i Argolis (Asine, Dendra/Midea och Berbati) under mellankrigstiden. I två år var han stationerad i Tripolis i Arkadien och till honom och hans hustru Elsa Segerdahl, som var läkare, kom de andra svenska delegaterna för att få en introduktion till Grekland, innan de sändes ut till sina områden.

Institutet hade sin hemvist på Voukourestiou fram till 1976, när det flyttade till den nyklassicistiska byggnaden på Mitseon 9, där det i dag finns inrymt. Den förste chefen för Svenska institutet i Athen titulerades Directeur d’Études. Det första statsbidraget kom 1959 och 1966 fick institutet sin förste storstipendiat. En tjänst som biträdande chef kunde inrättas 1987 men först tio år senare blev den en regelrätt tjänst genom ett ökat statsanslag.

Listan över institutets direktörer ser ut så här:

Erik J. Holmberg 1947–1948
Åke Åkerström 1948–1956
Arne Furumark 1956–1957
Paul Åström 1958–1963
Carl-Gustaf Styrenius 1963–1971
Åke Åkerström 1971–1972
Pontus Hellström 1972–1976
Robin Hägg 1976–1994
Berit Wells 1994–2003
Ann-Louise Schallin 2004-