Institutets uppgift är att fungera som en förmedlande länk mellan den grekiska myndigheten och enskilda svenska forskare. I fokus står det arkeologiska fältarbetet, bearbetning och publicering av fasta fornlämningar och fynd samt service till svenska forskare som vill bedriva forskning i Grekland och till utländska forskare som vill studera fynd från svenska fältarbeten.